Все рассмотренные HTML5 плееры умеют использовать не только HTML5, но подключать флеш версии тогда, когда это необходимо. Почти все из них бесплатные, и подходят для коммерческого использования.
Projekktor

Поддерживает: H.264, webM, Theora Ogg, Vorbis Ogg, MP3, а так же проигрывание видео с YouTube. Рекомендую посмотреть таблицу совместимости для полного представления.
VideoJS

Не использует изображения, камтомизация полностью через CSS, бесплатный и Open Source. Поддерживает форматы: H.264, Theora Ogg, webM.
SublimeVideo

Данное решение предоставляется не виде кода, а как сервис. Вы подключаете свой сайт в панели управления, и после этого вы уже не переживаете об обновлении кода, багах и добавлении новых возможностей — сервис сам все это делает, и отдает клиенту самую последнюю версию кода.
Поддерживает: H.264, webM, Ogg. Минус: скорее всего будет платное использование, но ценовая политика пока что недоступна. Ждем старта.
FlareVideo

Открытый исходный код и бесплатное коммерческое, и частное использование. Кастомизация через HTML/CSS/JS. Требует jQuery для работы. Поддерживает: MOV, FLV, Ogg, H.264. К сожалению, не работает на iOS.
JW Player

Флеш плеер с поддержкой HTML5 от компании Long Tail. Поддерживаем такие форматы: FLV, H.264, WebM, MP3, AAC.
OSM Player

Открытый плеер, использующий HTML5. Cудя по документации, его достаточно сложно интегрировать.
LeanBack Player

Не зависит от JS фреймворков, кастомизируется через CSS, имеет поддержку субтитров и локализаций.
Kaltura

Решение, которое уже сейчас используется на Wikimedia. Поддерживает: H.264, Ogg, FLV и MOV. Использует jQuery и jQuery UI.
Uppod HTML5

Разработка отечественных конструкторов. Поддерживает: H.264, AAC, Ogg, webM. Поддержка флеш версии опционально.
jMediaElement

Основанное на jQuery и JW player решение. Позволяет использовать субтитры.
На этом у меня всё. Вопросы, дополнения и комментарии приветствуются.