Сейчас многие разработчики переходят на движок innodb, наверное примерно как и с php: mysql -> mysqli -> pdo
https://ru.stackoverflow.com/questions/ ... %B8-myisam
Ну решили они так в новой версии, это их дело, если используется механизм транзакций и внешние ключи в их модели доступа.
Вы же получаете на почту только загрузчик, все остальное отдает хранилище cms, значит обновили там код под новые тренды и реалии.
А вот на shared хостинге в режиме production сменить конфиг это большой риск и накладные расходы. Вряд ли на это пойдут, я бы точно, будь я владельцем, не пошел бы на такой риск. Остается как вариант, развернуть инсталляшку у себя на машине и сделать дамп сюда на хостинг, надеясь на то, что innodb там только чисто для понтов.